Het Eckartcollege heeft drie afdelingen: mavo, havo en vwo.

Elke afdeling wordt geleid door een adjunctdirecteur. De leerlingcoördinatoren van de afdeling zijn, na de mentor, het tweede aanspreekpunt voor ouders en leerlingen. Zij handelen verlofverzoeken en verzuim af. Ook begeleiden ze de mentoren als er problemen zijn die het mentoraat overstijgen

Mavo
Mavo staat voor ‘middelbaar algemeen voortgezet onderwijs’ en de opleiding duurt vier jaar. Met een mavo-diploma kan een leerling naar het mbo. Ook doorstromen naar havo 4 is eventueel mogelijk.

Havo
Havo betekent ‘hoger algemeen voortgezet onderwijs’. De havo is een vijfjarige opleiding die opleidt voor het hoger beroepsonderwijs (hbo). Ook doorstroming naar klas vijf van het vwo is na het halen van een havodiploma mogelijk.

Vwo
De afkorting vwo staat voor ‘voorbereidend wetenschappelijk onderwijs’. De opleiding duurt zes jaar en bereidt voor op een universitaire opleiding.